W swoim testamencie, pisanym przez wiele lat, Papież napisał najpierw, że decyzję o miejscu pochówku powinno podjąć kolegium kardynalskie i rodacy. Później sprecyzował, że pisząc "Rodacy" miał na myśli metropolitę krakowskiego lub Radę Główną Episkopatu Polski. W końcu Jan Paweł II napisał, że kolegium kardynalskie nie ma żadnych powodów, by konsultować z kimkolwiek miejsce pochówku Papieża.
Joaquin Navarro-Valls, zapytany o to, czy przed podjęciem decyzji w sprawie pogrzebu papieża kardynałowie rozmawiali na ten temat ze stroną polską czyli metropolitą krakowskim lub Episkopatem, jak zasugerował to Jan Paweł II w testamencie, przypomniał, że jednocześnie w tym samym dokumencie pozostawił on purpuratom wolność wyboru, czy mają to robić. Nie byłem przy tym, gdy otwierano testament, ale jasne jest, że Ojciec Święty nie nałożył na kardynałów żadnego obowiązku, by uzgadniali to z kardynałem Macharskim - oświadczył rzecznik Stolicy Apostolskiej.