Kotoński urodził się w 1925 r. w Warszawie. Studiował kompozycję u Piotra Rydla, na stołecznym Uniwersytecie Muzycznym Fryderyka Chopina, którą ukończył w 1951 r. Prywatnie pobierał nauki także u kompozytora i pedagoga Tadeusza Szeligowskiego.
Fascynował się wówczas folklorem podhalańskim a zainteresowanie to znalazło swój wyraz m.in. w kompozycji "Tańce góralskie". Jako kompozytor współpracował ze Studiem Eksperymentalnym Polskiego Radia a także w szkole muzyki elektronicznej w Kolonii, Freiburgu, Paryżu i Sztokholmie.
- Muszę przyznać, że jako młody człowiek napisałem kilka utworów w ludowych rytmach, ale to były moje pierwsze próby instrumentacji. Od początku myślałem o muzyce bardziej złożonej, o swobodnych rytmach - wspominał w audycji "Zapiski ze współczesności" na antenie Polskiego Radia.
W 1959 r. skomponował "Etiudę na jedno uderzenie w talerz, muzyka konkretna" - pierwszy przykład kompozycji muzyki elektronicznej w Polsce. Utwór, trwający niecałe trzy minuty, składa się z jednego, odpowiednio przetworzonego i następnie zaaranżowanego w szerszą muzyczną strukturę, uderzenia miękką pałką w talerz perkusyjny. Utwór został wykonany w 1960 r. podczas festiwalu "Warszawska Jesień".
Komponował także muzykę do filmów dokumentalnych i animowanych m.in. "Dom" (1958) w reżyserii Waleriana Borowczyka oraz "Labirynt" (1963) Jana Lenicy.
Od 1967 do 1995 r. pracował jako wykładowca na warszawskiej Akademii Muzycznej, gdzie kierował również działaniami Studia Muzyki Elektronicznej. Wykładał ponadto m.in. w Królewskiej Akademii Muzycznej w Sztokholmie, w Stanowym Uniwersytecie w Buffalo, University of Southern California w Los Angeles czy w Rubin Academy of Music w Jerozolimie.
W latach 1972-73 był dziekanem wydziału kompozycji, dyrygentury i teorii muzyki stołecznej Akademii Muzycznej. W 1983 r. otrzymał tytuł profesora nadzwyczajnego, w 1990. profesora zwyczajnego. Do jego uczniów należą m.in. Krzysztof Knittel, Paweł Mykietyn, Stanisław Krupowicz i Paweł Szymański.
W latach 1974-76 pełnił funkcję naczelnego redaktora muzycznego w Polskim Radiu a także naczelnego dyrektora muzycznego Polskiego Radia i Telewizji. Między 1983 a 1989 rokiem był prezesem Polskiego Towarzystwa Muzyki Współczesnej.
Za swoją pracę kompozytorską i pedagogiczną Kotoński został wyróżniony m.in. Nagrodą Ministra Kultury i Sztuki (1973), Związku Kompozytorów Polskich (1976) czy Nagrody Przewodniczącego Komitetu ds. Radia i Telewizji (1979).
Profesor Kotoński jest także autorem publikacji z zakresu muzyki elektronicznej, eksperymentalnej i perkusyjnej, m.in. "Leksykonu współczesnej perkusji" czy "Muzyki elektronicznej" - pierwszej tego typu antologii w Polsce. W 2013 r. przekazał swoje archiwum - rękopisy kompozycji, osobiste notatki, listy - Bibliotece Uniwersyteckiej UW.
Do najważniejszych prac Kotońskiego należą m.in. "Poemat na orkiestrę" (1949), "Sześć miniatur na klarnet i fortepian" (1957), "Mikrostruktury na taśmę" (1963), "AELA czyli gra struktur aleatorycznych na jednym dźwięku harmonicznym, muzyka elektroniczna" (1970) czy "Wilanowskie pejzaże na kwartet smyczkowy i flet" (2002).
