Trybunał nie zakwestionował samej nowelizacji. Jednocześnie zobowiązał ustawodawcę do uchwalenia odpowiednich regulacji przejściowych dla przedsiębiorstw, które udowodnią, że podjęły długotrwałe inwestycje na rzecz osób niepełnosprawnych.
Istotą regulacji ma być zabezpieczenie zakładów pracy chronionej przed stratami, jakie mogą spowodować zmiany sposobu naliczania ulg. Status zakładu pracy chronionej przyznawany jest na trzy lata. Jeśli zakład podjął inwestycję, brak zwolnień podatkowych może go pozbawić środków na jej kontynuację.
Zmiany polegały na tym, że wcześniej zakłady chronione nie płaciły podatku od towarów i usług oraz akcyzowego i dochodowego do urzędu skarbowego, teraz - wedle skarżonych do Trybunału przepisów - wpłacają podatki i dopiero są one im zwracane, częściowo lub całkowicie.
Polska Organizacja Osób Niepełnosprawnych zarzuciła ustawodawcy niekonstytucyjność zmian, które pozbawiają zakłady pracy chronionej uprawnień wynikających z ich statusu, przyznanych na trzy lata, przed upływem tego okresu.
Zdaniem pełnomocników Organizacji, zmiana narusza interesy majątkowe pracodawców i zasady równości szans osób niepełnosprawnych. Ich zdaniem, zwolnienia podatkowe równoważyły szanse zakładów pracy chronionej.(aka)
