W marcu 2000 r. Sekułę znaleziono ciężko rannego po trzykrotnym postrzeleniu w klatkę piersiową i brzuch w jego biurze w Warszawie. Przewieziono go do wojskowego szpitala w Warszawie, gdzie kilka tygodni później zmarł. Policja i prokuratura od początku podawały, że Sekuła najprawdopodobniej popełnił samobójstwo, trzykrotnie strzelając do siebie z legalnie posiadanego rewolweru. B. szef GUC pozostawił list pożegnalny.
Prokuratorzy zapowiadali szybkie umorzenie postępowania. Poinformowano m.in. o rezygnacji z badań daktyloskopijnych i balistycznych. Szybkiemu zakończeniu śledztwa sprzeciwił się jednak b. minister sprawiedliwości Lech Kaczyński. Skrytykował on prowadzących śledztwo m.in. za to, że nie przejrzeli danych na dysku twardym komputera Sekuły i nie otworzyli jego kas pancernych. Kaczyński uważał, że w aktach śledztwa powinny znaleźć się informacje dot. m.in. sytuacji finansowej Sekuły, jego kontaktów, powiązań i działalności gospodarczej.
Pytany o te dane szef Prokuratury Rejonowej Warszawa-Śródmieście, Andrzej Janecki powiedział, że wszystkie polecenia przełożonych zostały uwzględnione. Śledztwo to było bardzo drobiazgowe - powiedział. Nie chciał ujawnić, co zawierały dyski i sejfy Sekuły.(ck)
