Kłopoty PAN, a konkretnie instytutów zajmujących się naukami humanistycznymi, zaczęły się po zmianie przepisów dotyczących szkolnictwa wyższego z października 2011 roku.
Wówczas określono, że do minimum kadrowego, od jakiego zależy prowadzenie studiów i nadawanie tytułów, są wliczani tylko ci nauczyciele akademiccy, dla których dana uczelnia czy akademia "stanowi podstawowe miejsce pracy". Pracownicy PAN z powodów finansowych jako podstawowe miejsce coraz częściej wskazują uczelnie prywatne.
Nowy wymóg oznacza, że profesor czy doktor habilitowany z PAN, który pracuje także na wyższej uczelni, musi zdecydować, które miejsce pracy jest dla niego podstawowe. Ponieważ pensje oferowane im przez uczelnie prywatne kilkakrotnie przewyższają te w akademii, coraz częściej to je wskazują jako główne miejsce pracy.
Z tymi wyborami naukowców wiążą się mniejsze wpływy z budżetu. PAN dostaje bowiem z Ministerstwa Nauki dotacje na działalność statutową tylko na osoby wskazujące akademię jako podstawowe miejsce pracy.
