Ścibor-Rylski podlega lustracji jako członek Kapituły Orderu Wojennego Virtuti Militari. Pion lustracyjny IPN zarzucił mu, że w oświadczeniu lustracyjnym z 2007 r. zataił związki ze służbami PRL.
Jak podawała "Gazeta Wyborcza", według IPN Ścibor-Rylski był tajnym współpracownikiem poznańskiego UB jako TW "Zdzisławski" w latach 1947-64, a potem, po przeprowadzce do Warszawy, miał podjąć współpracę z wywiadem, którą kontynuował do 1981 r. Zdaniem "GW" zachowała się jego teczka personalna i teczka pracy, 34 ręcznie pisane przez niego meldunki oraz kilkadziesiąt raportów ze spotkań z oficerem prowadzącym.
"Z dokumentów UB wynika, że został zmuszony do współpracy na podstawie materiałów kompromitujących. Był początkowo wykorzystywany do rozpracowywania środowiska polonijnego w USA i osób przyjeżdżających na Międzynarodowe Targi Poznańskie" - pisała "GW". Według niej, w IPN generał nie zaprzeczył związkom z UB; oświadczył zaś, że współpracę podjął na polecenie swego dowódcy z AK Jana Mazurkiewicza "Radosława". - Jako oficer wywiadu AK zgodziłem się w Poznaniu na współpracę z UB, ale moim faktycznym celem było uzyskiwanie informacji, kim interesuje się Urząd, i następnie ostrzeganie tych osób. Pytano mnie o kolegów z powstania, a ja nie udzielałem żadnych informacji, wykręcałem się. Natomiast później informowałem taką osobę, że UB się nią interesuje, w ten sposób ostrzegałem kolegów - zeznał (według "GW") w IPN. Generał miał też twierdzić, że o swojej działalności informował wiele osób.