Fontanna powstała z inicjatywy Rady Miasta na początku XVII wieku. W roku 1606 rozpoczęły się prace projektowe. Autorem projektu był Piotr Husen. W 1615 r. w Augsburgu manierystyczny posąg został odlany z brązu. Uruchomienie fontanny nastąpiło w 1633 r.
Istotne renowacje były przeprowadzone w 1757 r. i 1928 r. Pod koniec II wojny światowej niemieccy konserwatorzy, w obawie przed alianckimi nalotami, zdemontowali fontannę i ukryli posąg pod Bytowem. Po wojnie, w 1954 r. Neptun wrócił na Długi Targ. Ponad dwadzieścia lat później został zdemontowany w celu wymiany orurowania.
Mieszkańcy Gdańska nie mogli zgodzić się na taką próżnię w sercu miasta i postanowili zastąpić oryginał dość zaskakującą repliką. Zobaczcie: Piłkarski Neptun stanął na Długim Targu
