Troje sędziów SA rozpatruje zażalenie IPN oraz Stanisława Kani na decyzję Sądu Okręgowego w Warszawie, który na wniosek obrony 14 maja zwrócił sprawę katowickiemu pionowi śledczemu IPN. W sądzie nie stawił się żaden z oskarżonych (nie mają takiego obowiązku).
Jeśli sąd II instancji utrzymałby decyzję Sądu Okręgowego, oznaczałoby to trudną do określenia zwłokę w rozpoczęciu procesu. Uchylenie decyzji oznaczałoby, że proces mógłby wkrótce ruszyć.
Mocą decyzji Sądu Okręgowego, IPN miałby uzupełnić "istotne braki" śledztwa: powołać zespół biegłych historyków do oceny realności groźby interwencji ZSRR w latach 1980-1981; zwrócić się do zagranicznych archiwów o dokumenty oraz przesłuchać nowych świadków, m.in. z zagranicy (w tym Margaret Thatcher i Michaiła Gorbaczowa).
Po tej decyzji wielu komentatorów wyrażało obawy, że autorzy stanu wojennego nigdy już nie staną przed sądem. Politycy lewicy mówili, że decyzja Sądu Okręgowego ma "pomóc w ustaleniu prawdy historycznej".
IPN złożył odwołanie, domagając się uchylenia decyzji Sądu Okręgowego. Według ośmiostronicowego zażalenia, sąd bezkrytycznie przyjął argumentację oskarżonych. IPN twierdzi, że nie ma czego uzupełniać, bo dowody zebrane w śledztwie wystarczą do rozstrzygania. Uważa też, że sąd nie wykazał, by Gorbaczow czy Thatcher mieli wiedzę, "która może mieć znaczenie dla oceny zachowania oskarżonych". IPN kwestionuje też pomysł powołania zespołu biegłych historyków, bo każdy "dorosły człowiek o pewnym doświadczeniu życiowym" może się wypowiadać na ten temat.
Kania, b. I sekretarz KC PZPR, złożył zażalenie, bo twierdzi, że sąd przy decyzji o zwrocie sprawy nie uwzględnił wszystkich przemawiających za tym argumentów.
W kwietniu 2007 r. pion śledczy IPN w Katowicach skierował do sądu akt oskarżenia wobec w sumie dziewięciu osób - członków utworzonej w nocy z 12 na 13 grudnia 1981 r. tzw. Wojskowej Rady Ocalenia Narodowego (WRON) oraz Rady Państwa PRL (która formalnie wprowadziła stan wojenny i wydała odpowiednie dekrety). Zarzuty dotyczą m.in. kierowania i udziału w "związku przestępczym (chodzi o WRON) o charakterze zbrojnym, mającym na celu popełnianie przestępstw".
Główni oskarżeni to 84-letni gen. Jaruzelski - ówczesny I sekretarz PZPR, premier PRL i szef MON, a także szef WRON, 82-letni gen. Kiszczak - członek WRON i ówczesny szef MSW oraz 80-letni Kania, były już wtedy I sekretarz KC PZPR. Oskarżeni nie przyznają się do zarzutów; w IPN odmówili składania wyjaśnień.
Jaruzelski jest oskarżony o kierowanie "związkiem przestępczym o charakterze zbrojnym, mającym na celu popełnianie przestępstw" (czyli WRON) - za co grozi do 10 lat więzienia. Drugi zarzut to podżeganie Rady Państwa do przekroczenia uprawnień przez uchwalenie w czasie sesji Sejmu PRL i wbrew konstytucji dekretów o stanie wojennym.
W 2006 r., gdy IPN stawiał mu zarzuty, Jaruzelski odrzucał je i mówił, że liczy, iż "niezawisły sąd będzie potrafił ocenić bolesną prawdę". Dodał, że jeśli dojdzie do procesu, będzie to "sąd moralny" nad "tymi w mundurach i bez mundurów" oraz z "milionami, którzy poparli stan wojenny".
Według obrony, oskarżeni nie popełnili przestępstwa, bo działali w stanie tzw. wyższej konieczności wobec groźby sowieckiej interwencji. Jaruzelski zapewnia, że zależy mu na szybkim procesie i powtarza, że stan wojenny był ocaleniem kraju przed katastrofą.
