Intencją autorów projektu było wpisanie ogrodu w pejzaż nadwiślański poprzez wykorzystanie roślinności zbliżonej do tej, jaką można spotkać nad brzegiem rzeki. Dominować więc będą niskie krzewy, trawy i kwiaty. Zwiedzający spotkają w ogrodzie m.in. macierzankę, płomyk szydlasty, goździk kropkowany czy rozchodnik kaukaski. Im bliżej Wisły, tym sadzone rośliny będą niższe. Łącznie posadzonych zostanie około 40 tys. bylin i 50 tys. krzewów na powierzchni ponad 8,5 tys. metrów kwadratowych.
Nawiązując do edukacyjnego charakteru Centrum, w ogrodzie znajdzie się fontanna autorstwa Jarosława Kozakiewicza, która przyjmie postać modelu białka błonowego, akwaporyny, uczestniczącego w procesie transportu wody przez błonę komórkową. Strumienie wody wyrzucane przez fontannę będą podświetlone na czerwono, niebiesko i zielono.
W ogrodzie będzie można zobaczyc stożek przykrywający zawieszenie wahadła Foucaulta, które znajdować się będzie wewnątrz budynku. Wahadło pozwoli obserwować ruch obrotowy Ziemi.
Na powierzchni dachu widoczne będą elementy przypominające kratery, które w rzeczywistości stanowią górną krawędź przeszklonych atriów prowadzących do pomieszczeń znajdujących się poniżej. Projektanci nie zastosowali tradycyjnych balustrad - górna krawędź dachu ma tworzyć naturalną barierę zapobiegającą upadkom. Zamontowano w niej przeszklenia, dzięki czemu np. osoby niepełnosprawne będą mogły obserwować Wisłę.
Na dach będzie się można dostać zarówno bezpośrednio z budynku Centrum, jak i dzięki dwóm rampom prowadzącym z bulwaru nadwiślańskiego. Otwarcie ogrodu planowane jest na wiosnę 2011 r.
Pierwszym ogrodem dachowym w Polsce był zieleniec na dachu Biblioteki Uniwersytetu Warszawskiego, powstały w 2002 r. Składa się z dwóch części, górnej i dolnej, które łączy kaskadowo spływający strumień. W dolnej części ogrodu dominują byliny i krzewy utrzymane w tonacji biało-różowo-niebieskiej.
Uzupełnieniem ogrodu jest jego część wejściowa z pochylnią prowadzącą na dach biblioteki, na którym znajdują się altana i tarasy widokowe, z których rozciąga się widok na Warszawę.
