Abp Kowalczyk pozostawał jedynie w zainteresowaniu wywiadu
Historyk Jan Żaryn uważa, że zapisy ewidencyjne z archiwów IPN pozwalają jedynie stwierdzić, że ksiądz Józef Kowalczyk pozostawał w zainteresowaniu wywiadu. W wywiadzie z Polskim Radiem Żaryn zauważa, że fakt, iż wywiad zakwalifikował księdza Kowalczyka jako kontakt informacyjny nie oznacza, że tak w istocie było.
Zdaniem historyka Instytutu Pamięci Narodowej prawdopodobne jest, że jeden z ówczesnych rezydentów PRL-owskiej ambasady w Watykanie wpisał księdza Kowalczyka jako kontakt informacyjny. Jan Żaryn zauważa, że w tym czasie nastąpiła intensyfikacja rozmów między Stolicą Apostolską, a komunistycznym rządem. - To musiało skłaniać do poszukiwania dróg kontaktu mniej lub bardziej formalnych z ważnymi postaciami Stolicy Apostolskiej - mówi historyk.
Jego zdaniem także wielu innych hierarchów mogło być w podobny sposób wpisanych przez komunistyczny wywiad jako "kontakty informacyjne". - Nie można jednak zakładać, że żadna z takich osób nie pełniła takiej czy innej działalności agenturalnej - zaznacza Jan Żaryn.
Grupa ekspertów badających dokumenty IPN na temat księdza Kowalczyka podkreśliła w oświadczeniu, że do jego obowiązków podczas pracy w Watykanie należały między innymi rozmowy z przedstawicielami władz PRL, w tym z ich urzędowymi reprezentantami w Rzymie.