Decyzja, czy procesy rozpoczną się, zostanie podjęta oddzielnie i będzie częściowo zależeć od dalszych posunięć podejrzanych i ich prawników.
Bush wydał polecenie wojskowym, by przygotowali komisje (jak nazywa się trybunały) do odbycia procesów osób podejrzanych o terroryzm nie będących obywatelami USA. Nie zarządzono jeszcze żądnego procesu, natomiast kandydatami do postawienia przed trybunałami są niektórzy z około 680 członków Al-Kaidy i afgańskiego ruchu taliban przetrzymywanych na Kubie.
Pentagon powołał głównego prokuratora i prawnika-obrońcę, którzy będą nadzorować mianowanie obrońców wojskowych poszczególnych oskarżonych. Kierownictwo bazy Gauntanamo zaczęło przygotowania do budowy komory straceń, bowiem komisje mogą ferować kary śmierci.
Pentagon przygotował listę 18 zbrodni wojennych i ośmiu innych przestępstw, obejmującą m.in. terroryzm oraz świadome zabijanie osób cywilnych, które będą stawiane podejrzanym.