W czerwcu 2005 r. Prokuratura Okręgowa w Warszawie wysłała do sądu akt oskarżenia w głośnej sprawie wysypania przez posłów i sympatyków Samoobrony w czerwcu 2002 r. na tory na Żeraniu w Warszawie importowanego zboża. Akcja była nielegalna, a policja użyła wobec jej uczestników siły.
Lepper twierdził, że wysypana pszenica była skażona nitrofenem - zakazanym składnikiem środków ochrony roślin. Prokuratura została zawiadomiona przez Samoobronę o przestępstwie "sprowadzenia niebezpieczeństwa dla zdrowia i życia ludzi" przez Zakłady Przemysłu Zbożowego "Szymanów" w Teresinie, które sprowadziły ok. tysiąca ton tej pszenicy z Niemiec. W 2003 r. prokuratura umorzyła to śledztwo, uznając, iż zboże nie zawierało nitrofenu.
Oskarżono zaś trzech posłów, którzy wraz z innymi osobami wysypali zboże na tory. Podstawą oskarżenia jest artykuł Kodeksu karnego, przewidujący karę do pięciu lat więzienia dla tego, kto "cudzą rzecz niszczy, uszkadza lub czyni niezdatną do użytku". Doniesienie o przestępstwie złożył przewoźnik zboża. Według ustaleń prokuratury, akcja spowodowała straty w wysokości pięciu tys. zł na szkodę zakładów "Szymanów". Zniszczono wtedy 1,2 tony zboża, a zanieczyszczono 24 tony.
W śledztwie żaden z posłów nie przyznał się do zarzutów. Lepper w wyjaśnieniach podkreślał, że dostał informację, iż sprowadzono z zagranicy pszenicę zanieczyszczoną nitrofenem i że podjął akcję "wobec bezczynności organów państwa w tej sprawie".
W akcie oskarżenia podkreślono, że Lepper był już cztery razy skazany prawomocnymi wyrokami sądów.
Na wniosek prokuratury w 2003 r. Sejm uchylił immunitety czworgu posłom Samoobrony, którzy brali udział w wysypywaniu zboża: Lepperowi, Filipkowi, Budnerowi oraz Marii Zbyrowskiej. Sprawę Zbyrowskiej wyłączono do odrębnego postępowania wobec "jej notorycznego niestawiania się do prokuratury".
