Ataki terrorystyczne sprzed dwóch lat postawiły na porządku dziennym konieczność powołania jednolitego dowództwa, które odpowiadałoby za obronę terytorium kraju i jego granic, bowiem nic takiego nie istniało od czasów prezydenta Waszyngtona.
Minister obrony Donald Rumsfeld ogłosił plan utworzenia takiego dowództwa w kwietniu 2002 roku. Na jego czele stanął generał Ralph "Ed" Eberhart, który był wówczas szefem Północnoamerykańskiego Dowództwa Obrony Powietrznej (NORAD). Po zamachach z 11 września zmieniła się również rola NORAD, bowiem nie skupia się ono już wyłącznie na potencjalnych atakach lotniczych z zewnątrz, lecz również wewnątrz kraju.
Jeszcze przed osiągnięciem pełnej zdolności operacyjnej dowództwo pomagało w walce z katastrofami żywiołowymi, brało udział w poszukiwaniu szczątków promu Columbia oraz uczestniczyło w polowaniu na snajpera, który działał w rejonie Waszyngtonu.
