Wagner to jedyny lustrowany minister rządu Leszka Millera (jego proces zaczął się, zanim powstał ten rząd). Gdy proces ruszał w 1999 r., 57-letni dziś Wagner sam ujawnił, że Rzecznik podejrzewa go o zatajenie związków z wywiadem PRL w latach 70. i 80., gdy pracował w ambasadach w Oslo i Wiedniu. Wagner twierdzi, że nie miał żadnych związków z organami bezpieczeństwa.
W 2000 r. sąd I instancji uznał, że nie ma dowodów, iż Wagner podjął rzeczywistą współpracę z wywiadem PRL i uwolnił go od zarzutu. W maju 2001 r. sąd II instancji, na wniosek Rzecznika, uchylił wyrok i zwrócił sprawę do I instancji. Ponowny proces zaczął się w styczniu 2002 r.