Alagić udał się dobrowolnie do Trybunału w Hadze w sierpniu 2001 r. Zwolniony został warunkowo w grudniu tego samego roku i oczekiwał na proces.
Trybunał zarzucił mu i dwóm innym oskarżonym - generałowi w stanie spoczynku Enverowi Hadżihasanoviciowi i płk. Amirowi Kuburze - współodpowiedzialność za zbrodnie na ludności chorwackiej dokonane przez armię muzułmańską w latach 1993-94, w czasie konfliktu o środkową Bośnię.
Zarzucano im udział w egzekucjach ludności cywilnej i jeńców wojennych, wykorzystywanie zakładników jako "żywych tarcz" oraz grabież i niszczenie miast i wsi.
Alagić uważany był przez bośniackich Muzułmanów za bohatera niesłusznie oskarżonego o zbrodnie wojenne. Jego przyjaciele twierdzą, że był słabego zdrowia, które pogorszyło się po powrocie z Hagi.
"Generał Alagić nie umarł na atak serca, on umarł z powodu niesprawiedliwości" - powiedział były przywódca bośniackich muzułmanów, Alija Izetbegović. (jask)