Polko, 26 maja 2000 został powołany na stanowisko dowódcy jednostki specjalnej GROM. Jednostką kierował do 11 lutego 2004, kiedy to został odwołany przez ówczesnego ministra obrony narodowej Jerzego Szmajdzińskiego.
Po odejściu z czynnej służby był doradcą prezydenta Warszawy Lecha Kaczyńskiego. Krótko doradzał też, szefowi MSWiA Ludwikowi Dornowi w sprawach dotyczących zwalczania terroryzmu.
23 lutego 2006 r., powrócił na stanowisko dowódcy jednostki specjalnej GROM. 31 marca 2006 r. mianowany przez prezydenta Lecha Kaczyńskiego na stopień generała brygady.