Oficjalna wersja mówi, że Maschadow został zabity w Czeczenii podczas antyterrorystycznej akcji FSB. Jednak niektóre media rosyjskie przedstawiają inne wersje.
Dziennik "Moskowskij Komsomolec" twierdzi, że Maschadow został schwytany, przesłuchany i rozstrzelany, po czym jego ciało przewieziono do Tołstoj-Jurtu, gdzie zainscenizowano operację sił specjalnych Rosji. Ta sama gazeta sugeruje, że Maschadowa zgładził pierwszy wicepremier prorosyjskiego rządu Czeczenii Ramzan Kadyrow - watażka, który z nadania Kremla faktycznie sprawuje władzę w tej republice.
Zdaniem Macieja Falkowskiego, specjalisty do spraw Czeczenii w Ośrodku Studiów Wschodnich, każda z przedstawianych wersji jest prawdopodobna; jednak bez względu na prawdziwy przebieg wydarzeń Rosja doskonale wykorzystała propagandowo zabójstwo Maschadowa.
Sami bojownicy czeczeńscy też niechętnie mówią o zabójstwie Maschadowa. Niektórzy przyznają nawet, że Maschadow zginął z powodu zdrady.
