Media spekulowały na temat motywów zabójstwa. Policja po kolei dementowała wątki sugerowane przez prasę, powołującą się zawsze na dobrze poinformowane źródła zbliżone do organów prowadzących dochodzenie. Media donosiły m.in., że Papałę miał zabić Ryszard Niemczyk, gangster z grupy pruszkowskiej, podejrzany o zabójstwo "Pershinga". Niemczyk był już zatrzymany i aresztowany, ale uciekł z zakładu karnego w Wadowicach.
Jako jednego z możliwych zabójców prasa wskazywała też byłego sowieckiego komandosa Siergieja S., który przebywa w areszcie w związku z innymi zabójstwami.
Media podawały także, że jeden z członków gdańskiego gangu płatnych zabójców wskazał Edwarda M. - polskiego biznesmena legitymującego się także amerykańskim paszportem - jako zleceniodawcę zabójstwa Papały. M. został zatrzymany i doprowadzony go prokuratury, gdzie po przesłuchaniu zwolniono go. M. wyjechał z Polski. Pojawiły się spekulacje, że M. wypuszczono, bo zażądało tego ministerstwo sprawiedliwości.
Bezpośrednio po zabójstwie Papały w działaniach policji i prokuratury bardzo poważnie brany był pod uwagę wątek, że osoba, która strzelała do byłego szefa policji, już nie żyje, bo została zlikwidowana dla zatarcia śladów.
Odrzucono też hipotezę, że Papałę mógł zabić człowiek chory psychicznie, który osobiście czuł urazę do komendanta. Przypuszczano, że mógł to być np. zwolniony przez Papałę funkcjonariusz (zatrzymano nawet na 48 godzin byłego pracownika Komendy Głównej Policji, który miał się odgrażać Papale).
W 2001 roku ówczesny szef MSWiA, Marek Biernacki zapewniał, że zabójca lub zabójcy Papały zostaną schwytani za jego "kadencji", ale tak się nie stało.
W grudniu 2002 r. śledztwo prowadzone w Prokuraturze Okręgowej w Warszawie przejęła Prokuratura Apelacyjna w Warszawie. W lutym tego roku prokuratura przedstawiła Ryszardowi B., gangsterowi gangu pruszkowskiego, zarzut współudziału i nakłaniania "innej osoby" do zabójstwa Papały.
