Do dokumentów obciążających ks. Czajkowskiego dotarł w IPN dr Tadeusz Witkowski. Wynika z nich, że jeden z najbardziej znanych polskich duchownych, obecnie współprzewodniczący Polskiej Rady Chrześcijan i Żydów oraz współpracownik "Tygodnika Powszechnego", był w latach PRL jednym z najcenniejszych agentów SB.
Z dokumentów znajdujących się w IPN wynika, że duchowny współpracował z SB w latach 1960-1984 pod pseudonimem Jankowski. Donosił m.in. na metropolitę wrocławskiego, abpa Bolesława Kominka, oraz twórców KOR-u Jacka Kuronia i Jana Józefa Lipskiego.
Najbardziej bulwersujące są jednak szczegóły dotyczące donosów na ks. Jerzego Popiełuszkę. Od końca lat 70. oficerem prowadzącym ks. Czajkowskiego był Adam Pietruszka, który kierował późniejszą operacją zamordowania kapelana Solidarności.
W rozmowie z "ŻW" ks. Czajkowski zaprzecza, że współpracował z SB.
Nigdy nie byłem tajnym współpracownikiem. Ale jeśli ktoś wykorzystał moją łatwowierność, bardzo przepraszam- mówi ks. Czajkowski "Życiu Warszawy".
