Zakres działania Centrum ma obejmować cztery wymiary: stypendialny, naukowo-edukacyjny, popularyzatorski i archiwalny. Stypendia przyznawane będą nie tylko uczniom i studentom, ale także pracownikom naukowym oraz studentom z zagranicy uczącym się w Warszawie.
Prowadzone będą studia podyplomowe poświęcone Janowi Pawłowi II, szkoły letnie, seminaria, projekty badawcze i wydawnictwa. W ramach działalności popularyzatorskiej mają być organizowane konkursy, wystawy, projekty medialne i multimedialne oraz trasy turystyczne uwzględniające miejsca związane z wizytami Jana Pawła II w Warszawie.
Centrum ma także gromadzić materiały archiwalne dotyczące pobytów Papieża w stolicy.
